autoconfig-users.sh no cambia nada. El script lee las bases de datos de FOP2, donde estan los usuarios y permisos, etc, y convierte eso en directivas de configuración de FOP2 y las imprime en pantalla.
La configuración por defecto de FOP2 entonces ejecuta ese script y utiliza lo que sale en pantalla como configuración de FOP2.
Las directivas de configuración del FOP2 están documentadas en línea, como configurar un usuario:
user=usuario:clave:permisos:grupos:plugins
etc,
Por lo tanto, ejectuarlo sirve solamente para darte una idea de qué se tiene configurado de acuerdo a lo que hay guardado en base de datos. Mirar los permisos en la línea user=xxx es mucho más facil que fijarte si tienes un template, que permisos tiene ese template, y que usuario tiene asignado que template. Conque haya un pequeño error en esa cadena de configuraciones, que visualmente NO se pueden serguir desde el manager, se convierte en algo trivial si lo lees en la linea que imprime el autoconfig-users.sh
Si miras la linea user=xxxx del usuario que no se puede pausar, deberas ver que no tenga en el campo de permisos los valores queuemanager, queueagent u all. De no tenerlos, no podrá pausarse.
Saludos,